银行函证作为注册会计师审计的基础性程序，对于证实货币资金的存在性、抵押担保的完整性、企业收入的真实性等核心审计目标发挥着关键作用，在很大程度上决定了财务报表整体的审计质量，是夯实市场主体会计信息质量、防范金融风险、维护市场秩序的重要途径。
全国人大代表贾文勤认为，目前看，仍存在如下问题：一是效率不高。银行函证要经过打印、邮寄、交换、保存等过程，明显滞后于当前银行业务高度信息化的现状，不但效率低下，而且经常出现银行延迟回函甚至不予回函、回函不准确等问题。从目前相关政策实施情况看，银行函证数字化工作进展仍较为缓慢，回函质量和回函效率仍有较大提升空间。
二是社会成本较高。有的大型集团公司银行账户较多，每年年审期间的银行函证费用高达几百万元。另外，当前已有部分银行上线函证数字化平台，但个别银行拟同时向企业和会计师事务所双向收取函证费用，可能会进一步加大函证成本负担。
三是极易滋生舞弊。现有银行函证普遍由银行营业网点回复，通常营业网点与企业关系密切，一旦营业网点管理不善、工作人员合规意识淡薄，可能出现银行与企业串通出具虚假回函的严重问题，直接或间接引发审计失败，同时银行函证缺乏集中管理也极易为企业提供舞弊机会，资本市场此类案件屡见不鲜。
四是不实回函的民事责任追究规定不明。目前，若银行已确认存在违法违规行为的情况下，是否可以将其列为证券虚假陈述责任纠纷案件的适格被告，并进一步追究其民事赔偿责任尚存在法律规定不明确、各地各级司法实践不一、追究责任困难等实务问题。即使在虚假陈述案件能够将银行业金融机构列为被告的前提下，对于银行业金融机构应承担的民事责任，除针对验资业务中金融机构提供虚假资金证明发布的司法解释外，对于普通审计业务中银行提供不实回函的民事责任承担问题，尚无具体的司法解释。
贾文勤建议进一步规范银行函证工作：一是加快推进银行函证数字化。建议财政部会同有关部门加大政策扶持力度，积极支持会计师事务所建立函证中心，推动银行建立函证集中化数字化平台，将会计师事务所函证中心和银行函证集中化数字化平台相互联通，确保银行函证数字化进程平稳安全落地。二是开展专项治理降低银行函证收费。为贯彻落实党中央、国务院“减税降费”、支持实体经济发展的有关决策部署，切实减轻企业负担，建议银保监会对银行业金融机构收取高额函证服务费的问题开展专项治理，将银行函证服务价格纳入政府定价或政府指导价范畴，合理确定函证收费标准，切实降低企业和会计师事务所负担。三是完善不实回函的民事责任追究。建议最高人民法院会同银保监会、证监会等金融监管部门，及时完善对有关银行业金融机构提供不实回函等情况的民事责任追究相关司法解释和制度建设。
