近年来，在监管部门的密切指导和悉心帮助下，江苏淮安农商银行认真贯彻落实公司治理要求，坚持以“三会一层”为抓手，逐步建立起“党委核心领导、董事会战略决策、高管层执行落实、监事会依法监督”的公司法人治理结构。尤其在加强董事会自身建设、积极发挥车头牵引作用方面，通过优化董事会人员构成、强化董事会履职尽责、细化董事会调研指导、催化监事会和经营层作用发挥，取得较好成效。
该行坚持“党要管党，从严治党”，把党委研究讨论作为董事会决策重大问题的前置程序。董事会决定重大事项等须经公司党委酝酿讨论后，提交董事会作出决定，确保监管部门和上级管理部门的指导意见与基层法人机构决策方向一致，战略同步；在董事会下设发展战略委员会、风险管理与关联交易控制委员会、审计委员会、提名与薪酬委员会及扶持“三农”发展委员会5个专门委员会，制定相应议事规则，充分发挥独立董事和外部董事参事议事积极性，提升决策的科学性。有序开展年度目标分解、财务计划组织实施、架构优化、网点布局调整、重要岗位人员聘任、二级资本债券发行等工作；设立董事会办公室，明确职责，专门负责股东大会、董事会及董事会各委员会会议的筹备、落地、股权管理等事项，负责督办董事会决策执行落地及董事和股东的日常沟通工作。
该行通过增资扩股强化资本管理，引进市内有实力的民营企业和部分国有性质企业参股，在实现股权结构的多元化的同时，资本充足率和抗风险能力得到有效提升。此外，在股权结构上做到无“内部人或单一大股东”控股现象，保证经营方针、策略的正确性和可持续发展，最大限度保护了小股东的利益不受损。该行董事会由11名成员构成，其中执行董事4人、独立董事3人、股权董事4人。在成员聘任上，该行注重选聘企业管理能力强、有专业特长或社会影响力的法人股东加入董事会，聘请金融专家、农业专家等作为独立董事，以此提升董事会作为决策机构的管理决策水平。执行董事均有董事长或（副）行长工作履历，站位高、视野宽、格局大、有纵深。三位独立董事中，一位从事农村金融工作近十年、两位高校教授，分别在银行商务转型、大数据治理、风险管理及运用方面颇有建树。股权董事均有“三农”背景，分别任法人股东单位董事长、财务总监，公司治理能力突出，工作经验丰富，有责任、担当和情怀，且和农商行具有高度一致的“三农”情、价值观。
该行风险管理与关联交易控制委员会经过全面深入调研分析，撰写的《从严规范内部管控筑牢风险防控屏障 — —淮安农商行强化风险防范调研报告》，被江苏省联社作为信息专刊在全省农商系统印发。此外，该行相关委员会还多次开展产品分析，引导创新“产业链融资” “易贷系列产品” “淮商易贷”产品的研发，尤其是“淮商易贷”应急资金互助平台，三年来累计办理13亿元，大大减小了企业还贷过桥资金压力，被地方政府评为“优秀项目”，并推荐参加江苏省生产性服务业百企升级引领工程企业申报，并进入复评答辩。
